L'histoire commence au Pays de Clow. Shaolan, fils d'archéologue, vit désormais seul. Son père étant décédé, il décide de pousuivre les fouilles que ce dernier entreprenait. Sakura est la princesse du Pays de Clow. Elle entretient une forte relation d'amitié avec Shaolan car ils sont amis depuis la petite enfance. Mais ils s'aiment malgré tout.
Un soir, Sakura et Shaolan se rendent dans les ruines où celui-ci travaille. Un phénomènes étrange se produit et une force mystérieuse les attaquent... Sakura perd sa mémoire et Shaolan est alors désemparé. Il obtient l'aide du prête du Pays de Clow, Yukito. Il les envoie vers la sorcière des dimensions, Yûko. C'est à cette rencontre que l'aventure commence...
